Структура та органи управління КЗ "ВЛ №31" організовані відповідно до стандартів освітньої системи країни. Основні елементи структури:
1. Директор ліцею
- Головна посадова особа, яка керує ліцеєм.
- Відповідає за організацію освітнього процесу, адміністративну діяльність та зв'язок з вищими органами управління освітою.
- Приймає ключові рішення щодо функціонування ліцею.
2. Заступники директора
- Заступник директора з навчально-виховної роботи: контролює навчальний процес, складає розклад, координує роботу вчителів, займається питаннями методичного забезпечення.
- Заступник директора з виховної роботи: відповідає за організацію виховних заходів, культурно-просвітницьку діяльність, роботу з учнями та батьками.
- Заступник директора з адміністративно-господарської роботи: опікується матеріально-технічною базою ліцею, забезпечує належний стан будівлі та обладнання.
3. Педагогічна рада
- Колегіальний орган, що складається з вчителів, адміністрації та інших педагогічних працівників.
- Приймає рішення щодо освітнього процесу, затверджує програми навчання, оцінює якість навчання та успішність учнів.
4. Методичні об'єднання вчителів
- Групи вчителів, які спеціалізуються на певних предметах (математика, фізика, мови тощо).
- Координують роботу вчителів у межах своїх предметів, займаються обміном досвіду та розробкою методичних матеріалів.
5. Рада закладу
- Орган, що представляє інтереси батьків та допомагає у вирішенні питань, пов'язаних з навчанням та вихованням учнів.
- Може брати участь у прийнятті рішень щодо організації позакласних заходів.
6. Учнівське самоврядування
- Організація, що дає можливість учням брати участь в управлінні ліцеєм.
- Учні можуть організовувати заходи, вносити пропозиції щодо покращення освітнього процесу та інфраструктури.